炎热的暑假到来，忍术学校一年叶组的好伙伴乱太郎（加藤清史郎 饰）、雾丸（林辽威 饰）和新兵卫（神月朱理 饰）留在学校，度过了无忧无虑的快乐假期。谁知假期即将结束，他们的作业还没完成，因此也随之焦急起来。某天，学园长大川平次涡正（芦屋小雁 饰）的老朋友锻刀师六道辻卫门（栗塚旭 饰）找上门来求助，原来辻卫门打造的妖刀极乐丸被木耳城的切羽拓郎（永泽俊夫 饰）盗走。传说谁得到这柄妖刀，就可实现称霸天下的野望。居心叵测的切羽将极乐丸交给毒竹忍者队的首领稗田八方斋（西田健 饰），并怂恿后者铲除挡在前面的忍术学校。
园长得知这一消息，鼓励乱太郎他们夺回极乐丸，以此作为暑期的实习内容。小小忍蛋，能否完成这个事关天下的重任？